मंत्रालय के दो विभाग थे जिनमें से प्रत्येक विभाग का नेतृत्व भारत सरकार के सचिव करते थे स्वास्थ्य एवं परिवार कल्याण विभाग और स्वास्थ्य अनुसंधान विभाग
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प्रारंभ में स्वास्थ्य और परिवार कल्याण मंत्रालय के दो विभाग थे जिनमें से प्रत्येक विभाग का नेतृत्व भारत सरकार के सचिव करते थे स्वास्थ्य एवं परिवार कल्याण विभाग और स्वास्थ्य अनुसंधान विभाग 7 अगस्त 2014 को असाधारण गजट भाग 2 धारा 3 उपखंड दो नई दिल्ली बुधवार 7 अगस्त 2014 को एड्स नियंत्रण विभाग को स्वास्थ्य परिवार कल्याण विभाग के साथ मिला दिया गया और अब इसे राष्ट्रीय एस के रूप में जाना जाता है नियंत्रण संगठन नाको